| 18. Spieltag | 10.07.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | JK Nõmme Kalju | 1:6 | ||||
| 20. Spieltag | 24.07.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Pärnu Linnameeskond | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 07.08.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Paide Linnameeskond | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 12.08.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Nõmme Kalju | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 15.08.2016 | JK Nõmme Kalju | - | JK Narva Trans | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 20.08.2016 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tammeka | 3:0 | ||||
| 26. Spieltag | 23.08.2016 | FC Levadia | - | JK Nõmme Kalju | 1:2 | ||||
| 27. Spieltag | 27.08.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 3:3 | ||||
| 28. Spieltag | 10.09.2016 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 13.09.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Levadia | 0:3 | ||||
| 30. Spieltag | 17.09.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 1:5 | ||||
| 31. Spieltag | 24.09.2016 | JK Narva Trans | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 |  |
|||
| 19. Spieltag | 27.09.2016 | FC Infonet | - | JK Nõmme Kalju | 2:2 | ||||
| 32. Spieltag | 01.10.2016 | JK Nõmme Kalju | - | JK Sillamäe Kalev | 3:1 |  |
|||
| 33. Spieltag | 15.10.2016 | Paide Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 2:0 | ||||
| 35. Spieltag | 29.10.2016 | JK Tammeka | - | JK Nõmme Kalju | 0:1 |
Estland