1. Spieltag 11.08.1999 1. FC Magdeburg - BFC Dynamo 1:1
3. Spieltag 20.08.1999 1. FC Magdeburg - VfB Leipzig 0:1
4. Spieltag 24.08.1999 TeBe Berlin II - 1. FC Magdeburg 1:3
5. Spieltag 29.08.1999 SV Babelsberg 03 - 1. FC Magdeburg 2:3
6. Spieltag 07.09.1999 1. FC Magdeburg - FSV Zwickau 2:2
7. Spieltag 11.09.1999 Rot-Weiß Erfurt - 1. FC Magdeburg 1:0
8. Spieltag 19.09.1999 1. FC Magdeburg - Hertha BSC II 3:0
9. Spieltag 25.09.1999 VfL Halle 96 - 1. FC Magdeburg 2:2
10. Spieltag 01.10.1999 1. FC Magdeburg - Dynamo Dresden 1:2 Tor gelbe Karte
11. Spieltag 16.10.1999 Sachsen Leipzig - 1. FC Magdeburg 2:0 gelbe Karte
12. Spieltag 22.10.1999 1. FC Magdeburg - VFC Plauen 0:0
13. Spieltag 07.11.1999 Lok Altmark Stendal - 1. FC Magdeburg 1:4
14. Spieltag 12.11.1999 1. FC Magdeburg - Erzgebirge Aue 1:2
15. Spieltag 20.11.1999 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Magdeburg 3:2
16. Spieltag 05.12.1999 1. FC Magdeburg - 1. FC Union Berlin 1:2
17. Spieltag 11.12.1999 Stahl Eisenhüttenstadt - 1. FC Magdeburg 1:1
18. Spieltag 05.02.2000 BFC Dynamo - 1. FC Magdeburg 0:2
19. Spieltag 12.02.2000 1. FC Magdeburg - Dresdner SC 0:3
21. Spieltag 27.02.2000 1. FC Magdeburg - TeBe Berlin II 6:1
23. Spieltag 11.03.2000 FSV Zwickau - 1. FC Magdeburg 0:3 gelbe Karte
25. Spieltag 25.03.2000 Hertha BSC II - 1. FC Magdeburg 0:2 Wert.
26. Spieltag 02.04.2000 1. FC Magdeburg - VfL Halle 96 1:1
27. Spieltag 11.04.2000 Dynamo Dresden - 1. FC Magdeburg 1:0
28. Spieltag 14.04.2000 1. FC Magdeburg - Sachsen Leipzig 0:0
24. Spieltag 18.04.2000 1. FC Magdeburg - Rot-Weiß Erfurt 3:1
29. Spieltag 22.04.2000 VFC Plauen - 1. FC Magdeburg 0:2
30. Spieltag 30.04.2000 1. FC Magdeburg - Lok Altmark Stendal 8:1 TorTor
31. Spieltag 06.05.2000 Erzgebirge Aue - 1. FC Magdeburg 1:3 gelbe Karte
32. Spieltag 09.05.2000 1. FC Magdeburg - FC Carl Zeiss Jena 2:3 gelbe Karte
33. Spieltag 13.05.2000 1. FC Union Berlin - 1. FC Magdeburg 3:2
34. Spieltag 20.05.2000 1. FC Magdeburg - Stahl Eisenhüttenstadt 4:0