| 1. Spieltag | 20.08.2006 | AO Kerkyra | - | Apollon Kalamarias | 2:1 | ||||
| 2. Spieltag | 27.08.2006 | Apollon Kalamarias | - | AO Egaleo | 0:1 |  |
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| 3. Spieltag | 10.09.2006 | Ionikos Nikea | - | Apollon Kalamarias | 1:0 | |
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| 4. Spieltag | 17.09.2006 | Apollon Kalamarias | - | Skoda Xanthi | 2:0 | ||||
| 6. Spieltag | 01.10.2006 | PAOK Saloniki | - | Apollon Kalamarias | 1:1 | ||||
| 7. Spieltag | 22.10.2006 | Apollon Kalamarias | - | OFI Heraklion | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 04.03.2007 | Iraklis Saloniki | - | Apollon Kalamarias | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 11.03.2007 | Apollon Kalamarias | - | Olympiakos Piraeus | 1:2 | |
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