| 1. Spieltag | 16.08.2008 | SV Zulte Waregem | - | Sporting Lokeren | 0:0 |  |
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| 6. Spieltag | 27.09.2008 | SV Zulte Waregem | - | AFC Tubize | 1:0 | |
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| 7. Spieltag | 04.10.2008 | KVC Westerlo | - | SV Zulte Waregem | 3:2 | ||||
| 11. Spieltag | 07.11.2008 | Cercle Brugge | - | SV Zulte Waregem | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 15.11.2008 | SV Zulte Waregem | - | Germinal Beerschot | 2:2 | ||||
| 14. Spieltag | 29.11.2008 | SV Zulte Waregem | - | Sporting Charleroi | 4:2 | ||||
| 15. Spieltag | 06.12.2008 | Standard Liège | - | SV Zulte Waregem | 1:2 | |
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| 16. Spieltag | 13.12.2008 | SV Zulte Waregem | - | Excelsior Mouscron | 2:1 | ||||
| 13. Spieltag | 16.12.2008 | KV Kortrijk | - | SV Zulte Waregem | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 20.12.2008 | RAEC Mons | - | SV Zulte Waregem | 2:2 | ||||
| 27. Spieltag | 22.03.2009 | KAA Gent | - | SV Zulte Waregem | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 04.04.2009 | SV Zulte Waregem | - | Cercle Brugge | 3:1 |
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