| 2. Spieltag | 20.05.2020 | FC Flora | - | JK Tammeka | 0:0 | ||||
| 4. Spieltag | 30.05.2020 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 3:0 | ||||
| 5. Spieltag | 03.06.2020 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 1:3 |  |
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| 6. Spieltag | 07.06.2020 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 7. Spieltag | 12.06.2020 | FC Flora | - | Tulevik Viljandi | 3:0 |  |
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| 8. Spieltag | 17.06.2020 | FC Flora | - | FCI Levadia | 4:0 | ||||
| 9. Spieltag | 27.06.2020 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 0:4 | ||||
| 10. Spieltag | 30.06.2020 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 3:1 | ||||
| 11. Spieltag | 08.07.2020 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 2:1 | ||||
| 13. Spieltag | 18.07.2020 | FCI Levadia | - | FC Flora | 1:3 | |
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| 14. Spieltag | 24.07.2020 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:1 | ||||
| 19. Spieltag | 04.10.2020 | FC Flora | - | Tulevik Viljandi | 2:1 | ||||
| 24. Spieltag | 21.10.2020 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 25. Spieltag | 25.10.2020 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 0:4 | ||||
| 26. Spieltag | 01.11.2020 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 0:0 | ||||
| 27. Spieltag | 08.11.2020 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:1 |
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