| 1. Spieltag | 31.07.2016 | FK Ural | - | FK Ufa | 2:0 |  |
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| 2. Spieltag | 06.08.2016 | FK Ufa | - | Zenit St. Petersburg | 0:0 | ||||
| 3. Spieltag | 14.08.2016 | FK Tom Tomsk | - | FK Ufa | 1:0 | ||||
| 5. Spieltag | 26.08.2016 | Krylia Sovetov | - | FK Ufa | 0:1 | ||||
| 6. Spieltag | 11.09.2016 | FK Ufa | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 10. Spieltag | 14.10.2016 | CSKA Moskva | - | FK Ufa | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 22.10.2016 | FK Ufa | - | FK Rostov | 0:0 | |
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| 12. Spieltag | 30.10.2016 | Arsenal Tula | - | FK Ufa | 0:2 | ||||
| 13. Spieltag | 05.11.2016 | FK Ufa | - | Rubin Kazan | 2:3 | ||||
| 14. Spieltag | 19.11.2016 | Anzhi Makhachkala | - | FK Ufa | 0:1 |  |
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| 15. Spieltag | 25.11.2016 | FK Ufa | - | FK Orenburg | 1:0 | |
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| 16. Spieltag | 30.11.2016 | Zenit St. Petersburg | - | FK Ufa | 2:0 | ||||
| 17. Spieltag | 05.12.2016 | FK Ufa | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 11.03.2017 | FK Ufa | - | Krylia Sovetov | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 19.03.2017 | FK Krasnodar | - | FK Ufa | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 09.04.2017 | FK Ufa | - | Spartak Moskva | 1:3 | |
Tschechien