| 1. Spieltag | 01.08.2016 | FK Krasnodar | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 2. Spieltag | 08.08.2016 | FK Krasnodar | - | Terek Grozny | 4:0 | ||||
| 6. Spieltag | 11.09.2016 | FK Ufa | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 23.10.2016 | FK Krasnodar | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 13.03.2017 | Lokomotiv Moskva | - | FK Krasnodar | 1:2 |  |
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| 20. Spieltag | 19.03.2017 | FK Krasnodar | - | FK Ufa | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 03.04.2017 | FK Rostov | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 09.04.2017 | FK Krasnodar | - | CSKA Moskva | 1:1 |  |
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| 23. Spieltag | 15.04.2017 | Rubin Kazan | - | FK Krasnodar | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 23.04.2017 | FK Krasnodar | - | Arsenal Tula | 2:0 | ||||
| 28. Spieltag | 13.05.2017 | FK Ural | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 17.05.2017 | Zenit St. Petersburg | - | FK Krasnodar | 1:0 |
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