| 13. Spieltag | 13.07.2008 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Nalchik | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 19.07.2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 |  |
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| 15. Spieltag | 26.07.2008 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 16. Spieltag | 02.08.2008 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 0:1 | |
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| 17. Spieltag | 09.08.2008 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 15.08.2008 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 1:2 | ||||
| 19. Spieltag | 23.08.2008 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 20. Spieltag | 31.08.2008 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:4 | ||||
| 21. Spieltag | 13.09.2008 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 21.09.2008 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 2:0 | |
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| 24. Spieltag | 04.10.2008 | FK Tom Tomsk | - | Lokomotiv Moskva | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 18.10.2008 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | |
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| 28. Spieltag | 07.11.2008 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | |
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