| 1. Spieltag | 02.03.2013 | FC Levadia | - | JK Tammeka | 3:1 |  |
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| 3. Spieltag | 16.03.2013 | FC Levadia | - | JK Narva Trans | 3:0 | |
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| 7. Spieltag | 20.04.2013 | FC Levadia | - | FC Infonet | 2:1 | |
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| 8. Spieltag | 27.04.2013 | Paide Linnameeskond | - | FC Levadia | 3:4 | |
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| 9. Spieltag | 03.05.2013 | FC Levadia | - | FC Kuressaare | 2:1 | |
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| 15. Spieltag | 15.06.2013 | FC Levadia | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 | |
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| 19. Spieltag | 19.07.2013 | FC Levadia | - | FC Kuressaare | 2:1 | |
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| 22. Spieltag | 09.08.2013 | FC Flora | - | FC Levadia | 1:2 | |
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| 26. Spieltag | 20.08.2013 | JK Tallinna Kalev | - | FC Levadia | 1:4 | |
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| 17. Spieltag | 30.08.2013 | FC Levadia | - | JK Tallinna Kalev | 1:0 | |
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| 29. Spieltag | 21.09.2013 | FC Levadia | - | JK Tallinna Kalev | 5:0 | |
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| 31. Spieltag | 01.10.2013 | FC Levadia | - | JK Nõmme Kalju | 2:1 | |
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| 32. Spieltag | 05.10.2013 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Levadia | 1:2 | |
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| 33. Spieltag | 19.10.2013 | FC Levadia | - | FC Flora | 3:1 | |
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| 36. Spieltag | 09.11.2013 | FC Kuressaare | - | FC Levadia | 2:4 | |
Estland