| 1. Spieltag | 14.03.2009 | Lokomotiv Moskva | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 21.03.2009 | Dinamo Moskva | - | FK Khimki | 3:2 | ||||
| 3. Spieltag | 03.04.2009 | FK Khimki | - | FK Rostov | 0:1 | ||||
| 4. Spieltag | 10.04.2009 | Krylia Sovetov | - | FK Khimki | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 25.04.2009 | Zenit St. Petersburg | - | FK Khimki | 4:2 | ||||
| 7. Spieltag | 03.05.2009 | FK Khimki | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:2 | ||||
| 8. Spieltag | 11.05.2009 | Spartak Nalchik | - | FK Khimki | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 16.05.2009 | FK Khimki | - | FK Moskva | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 23.05.2009 | Terek Grozny | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 13.06.2009 | Spartak Moskva | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 10.07.2009 | FK Khimki | - | FK Saturn | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 19.07.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 4:0 | ||||
| 15. Spieltag | 24.07.2009 | FK Khimki | - | FK Amkar Perm | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 02.08.2009 | FK Khimki | - | Dinamo Moskva | 0:2 | ||||
| 17. Spieltag | 09.08.2009 | FK Rostov | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 21. Spieltag | 12.09.2009 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Khimki | 2:1 | ||||
| 22. Spieltag | 18.09.2009 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 0:2 | ||||
| 29. Spieltag | 21.11.2009 | FK Amkar Perm | - | FK Khimki | 2:0 |
Armenien