| 6. Spieltag | 19.04.2008 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 19. Spieltag | 23.08.2008 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tom Tomsk | 0:1 |  |
|||
| 20. Spieltag | 31.08.2008 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:4 | ||||
| 21. Spieltag | 13.09.2008 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 21.09.2008 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 2:0 | ||||
| 23. Spieltag | 27.09.2008 | CSKA Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 |  |
|||
| 27. Spieltag | 02.11.2008 | Spartak Nalchik | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 28. Spieltag | 07.11.2008 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | |
|||
| 30. Spieltag | 22.11.2008 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:0 |
Estland