| 1. Spieltag | 15.03.2008 | FK Khimki | - | FK Amkar Perm | 0:3 | ||||
| 2. Spieltag | 23.03.2008 | Dinamo Moskva | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 12.04.2008 | FK Khimki | - | Rubin Kazan | 0:4 | ||||
| 6. Spieltag | 18.04.2008 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Khimki | 3:2 | ||||
| 7. Spieltag | 26.04.2008 | FK Khimki | - | Krylia Sovetov | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 03.05.2008 | FK Saturn | - | FK Khimki | 2:2 | ||||
| 9. Spieltag | 07.05.2008 | FK Khimki | - | Terek Grozny | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 16.05.2008 | FK Khimki | - | Lokomotiv Moskva | 2:2 |  |
|||
| 12. Spieltag | 05.07.2008 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 25.07.2008 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 2:0 | |
 |
||
| 16. Spieltag | 02.08.2008 | FK Khimki | - | Dinamo Moskva | 1:1 | |
|||
| 17. Spieltag | 09.08.2008 | Spartak Moskva | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 23.08.2008 | Rubin Kazan | - | FK Khimki | 2:0 | |
|||
| 21. Spieltag | 14.09.2008 | Krylia Sovetov | - | FK Khimki | 3:0 | |
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| 22. Spieltag | 20.09.2008 | FK Khimki | - | FK Saturn | 2:1 | |
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| 29. Spieltag | 16.11.2008 | Spartak Nalchik | - | FK Khimki | 1:2 | ||||
| 30. Spieltag | 22.11.2008 | FK Amkar Perm | - | FK Khimki | 3:1 |
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