| 17. Spieltag | 17.11.2012 | FC Nitra | - | 1. FC Tatran Prešov | 4:1 | ||||
| 18. Spieltag | 24.11.2012 | MFK Košice | - | FC Nitra | 4:0 | ||||
| 19. Spieltag | 30.11.2012 | FC Nitra | - | MŠK Žilina | 2:0 | ||||
| 20. Spieltag | 02.03.2013 | Spartak Trnava | - | FC Nitra | 2:0 | ||||
| 21. Spieltag | 10.03.2013 | FC Nitra | - | Slovan Bratislava | 0:3 | ||||
| 22. Spieltag | 15.03.2013 | FK Senica | - | FC Nitra | 2:1 | ||||
| 23. Spieltag | 30.03.2013 | AS Trenčín | - | FC Nitra | 3:0 | ||||
| 24. Spieltag | 02.04.2013 | FC Nitra | - | MFK Ružomberok | 3:0 |  |
|||
| 25. Spieltag | 06.04.2013 | Zlaté Moravce | - | FC Nitra | 1:2 | ||||
| 26. Spieltag | 14.04.2013 | Spartak Myjava | - | FC Nitra | 0:0 | |
|||
| 27. Spieltag | 20.04.2013 | FC Nitra | - | FK Dukla Banská Bystrica | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 23.04.2013 | MŠK Žilina | - | FC Nitra | 1:2 | ||||
| 28. Spieltag | 27.04.2013 | 1. FC Tatran Prešov | - | FC Nitra | 0:1 | |
|||
| 29. Spieltag | 14.05.2013 | FC Nitra | - | MFK Košice | 1:0 | ||||
| 31. Spieltag | 18.05.2013 | FC Nitra | - | Spartak Trnava | 3:3 | ||||
| 32. Spieltag | 22.05.2013 | Slovan Bratislava | - | FC Nitra | 4:0 | ||||
| 33. Spieltag | 26.05.2013 | FC Nitra | - | FK Senica | 0:1 |
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