| 18. Spieltag | 08.07.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Narva Trans | 3:0 | ||||
| 19. Spieltag | 16.07.2016 | JK Narva Trans | - | Paide Linnameeskond | 3:1 | ||||
| 20. Spieltag | 23.07.2016 | JK Narva Trans | - | JK Sillamäe Kalev | 1:3 | ||||
| 21. Spieltag | 30.07.2016 | FC Infonet | - | JK Narva Trans | 4:3 | ||||
| 22. Spieltag | 06.08.2016 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 4:1 |  |
|||
| 23. Spieltag | 12.08.2016 | JK Narva Trans | - | Rakvere JK Tarvas | 1:1 | |
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| 24. Spieltag | 15.08.2016 | JK Nõmme Kalju | - | JK Narva Trans | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 19.08.2016 | JK Narva Trans | - | Pärnu Linnameeskond | 3:1 | |
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| 26. Spieltag | 23.08.2016 | JK Tammeka | - | JK Narva Trans | 0:2 | ||||
| 27. Spieltag | 26.08.2016 | JK Narva Trans | - | FC Levadia | 3:1 | ||||
| 28. Spieltag | 10.09.2016 | FC Levadia | - | JK Narva Trans | 5:0 | ||||
| 34. Spieltag | 21.10.2016 | JK Narva Trans | - | FC Infonet | 0:0 |  |
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| 36. Spieltag | 05.11.2016 | Paide Linnameeskond | - | JK Narva Trans | 0:0 | |
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