| 7. Spieltag | 18.09.2016 | FK Krasnodar | - | FK Rostov | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 02.10.2016 | FK Krasnodar | - | Rubin Kazan | 1:0 | ||||
| 10. Spieltag | 16.10.2016 | Arsenal Tula | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 23.10.2016 | FK Krasnodar | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 30.10.2016 | Anzhi Makhachkala | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 06.11.2016 | FK Krasnodar | - | FK Orenburg | 3:3 | ||||
| 15. Spieltag | 27.11.2016 | FK Krasnodar | - | Zenit St. Petersburg | 2:1 |  |
|||
| 16. Spieltag | 01.12.2016 | Terek Grozny | - | FK Krasnodar | 2:1 | ||||
| 17. Spieltag | 05.12.2016 | FK Krasnodar | - | Krylia Sovetov | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 05.03.2017 | FK Krasnodar | - | Spartak Moskva | 2:2 | ||||
| 19. Spieltag | 13.03.2017 | Lokomotiv Moskva | - | FK Krasnodar | 1:2 |
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