| 1. Spieltag | 05.03.2016 | JK Nõmme Kalju | - | JK Sillamäe Kalev | 2:0 |  |
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| 2. Spieltag | 09.03.2016 | FC Infonet | - | JK Nõmme Kalju | 2:1 | ||||
| 3. Spieltag | 12.03.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Rakvere JK Tarvas | 3:1 | ||||
| 4. Spieltag | 19.03.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 2:0 | ||||
| 6. Spieltag | 05.04.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 0:1 |  |
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| 8. Spieltag | 15.04.2016 | JK Tammeka | - | JK Nõmme Kalju | 0:3 | ||||
| 13. Spieltag | 17.05.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Pärnu Linnameeskond | 3:0 | ||||
| 18. Spieltag | 10.07.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | JK Nõmme Kalju | 1:6 | ||||
| 20. Spieltag | 24.07.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Pärnu Linnameeskond | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 20.08.2016 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tammeka | 3:0 | |
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| 30. Spieltag | 17.09.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 1:5 | ||||
| 34. Spieltag | 22.10.2016 | JK Nõmme Kalju | - | Rakvere JK Tarvas | 2:0 | ||||
| 21. Spieltag | 25.10.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | JK Nõmme Kalju | 1:2 | ||||
| 35. Spieltag | 29.10.2016 | JK Tammeka | - | JK Nõmme Kalju | 0:1 |
Estland