| 1. Spieltag | 07.03.2009 | FC Tokyo | - | Albirex Niigata | 1:4 |  |
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| 2. Spieltag | 14.03.2009 | Urawa Red Diamonds | - | FC Tokyo | 3:1 | ||||
| 3. Spieltag | 21.03.2009 | FC Tokyo | - | Montedio Yamagata | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 18.04.2009 | FC Tokyo | - | JEF United Chiba | 1:2 | ||||
| 7. Spieltag | 25.04.2009 | Oita Trinita | - | FC Tokyo | 0:1 | ||||
| 8. Spieltag | 29.04.2009 | Gamba Osaka | - | FC Tokyo | 4:2 | ||||
| 10. Spieltag | 05.05.2009 | Sanfrecce Hiroshima | - | FC Tokyo | 2:0 | ||||
| 11. Spieltag | 09.05.2009 | FC Tokyo | - | Kyoto Sanga FC | 0:0 |  |
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| 18. Spieltag | 18.07.2009 | RB Omiya Ardija | - | FC Tokyo | 0:3 | ||||
| 23. Spieltag | 23.08.2009 | Kashima Antlers | - | FC Tokyo | 3:1 | ||||
| 32. Spieltag | 22.11.2009 | JEF United Chiba | - | FC Tokyo | 2:1 | ||||
| 33. Spieltag | 28.11.2009 | FC Tokyo | - | Vissel Kobe | 1:0 |
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