| 3. Spieltag | 12.08.2016 | FC Bourg-Péronnas | - | AJ Auxerre | 2:4 | ||||
| 5. Spieltag | 26.08.2016 | US Orléans | - | AJ Auxerre | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 17.09.2016 | Stade Brestois 29 | - | AJ Auxerre | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 20.09.2016 | AC Ajaccio | - | AJ Auxerre | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 21.10.2016 | RC Strasbourg | - | AJ Auxerre | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 04.11.2016 | Amiens SC | - | AJ Auxerre | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 29.11.2016 | AJ Auxerre | - | Nîmes Olympique | 2:0 | ||||
| 18. Spieltag | 09.12.2016 | ESTAC Troyes | - | AJ Auxerre | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 16.12.2016 | AJ Auxerre | - | Valenciennes FC | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 17.02.2017 | AJ Auxerre | - | AC Ajaccio | 1:0 |
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