| 3. Spieltag | 11.09.2016 | PAOK Saloniki | - | Panetolikos | 2:1 |  |
|||
| 4. Spieltag | 18.09.2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 0:2 | |
 |
||
| 5. Spieltag | 24.09.2016 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 02.10.2016 | Platanias Chanion | - | Panetolikos | 0:0 | |
|||
| 7. Spieltag | 15.10.2016 | Panetolikos | - | AO Kerkyra | 4:0 | ||||
| 8. Spieltag | 23.10.2016 | Levadiakos | - | Panetolikos | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 31.10.2016 | Panetolikos | - | PAS Giannina | 1:2 | ||||
| 10. Spieltag | 06.11.2016 | Panetolikos | - | AE Lárissa | 2:1 | |
|
||
| 12. Spieltag | 27.11.2016 | Panetolikos | - | Xanthi FC | 2:3 | |
|||
| 13. Spieltag | 03.12.2016 | Veria FC | - | Panetolikos | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 11.12.2016 | Panetolikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | ||||
| 15. Spieltag | 18.12.2016 | Olympiakos Piraeus | - | Panetolikos | 3:1 |
Ägypten