| 1. Spieltag | 25.08.2012 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 2. Spieltag | 31.08.2012 | Panathinaikos | - | PAS Giannina | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 15.09.2012 | Panthrakikos | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 24.09.2012 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 30.09.2012 | Panathinaikos | - | Asteras Tripolis | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 07.10.2012 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 7. Spieltag | 21.10.2012 | Panathinaikos | - | Aris Saloniki | 1:1 | ||||
| 8. Spieltag | 29.10.2012 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 2:2 | ||||
| 16. Spieltag | 05.01.2013 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 1:2 | ||||
| 17. Spieltag | 13.01.2013 | PAS Giannina | - | Panathinaikos | 0:0 |  |
|||
| 22. Spieltag | 17.02.2013 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 1:0 | |
|||
| 23. Spieltag | 23.02.2013 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 24. Spieltag | 03.03.2013 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 25. Spieltag | 09.03.2013 | Panathinaikos | - | AO Kerkyra | 1:0 | |
|||
| 26. Spieltag | 17.03.2013 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 2:0 | ||||
| 28. Spieltag | 07.04.2013 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 0:0 | |
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