| 17. Spieltag | 21.01.2017 | AEP Iraklis FC | - | Veria FC | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 25.01.2017 | Veria FC | - | AEP Iraklis FC | 0:2 | ||||
| 18. Spieltag | 28.01.2017 | AEP Iraklis FC | - | AE Lárissa | 1:1 |  |
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| 11. Spieltag | 01.02.2017 | AEP Iraklis FC | - | AO Kerkyra | 0:0 | ||||
| 19. Spieltag | 05.02.2017 | Olympiakos Piraeus | - | AEP Iraklis FC | 3:0 | ||||
| 20. Spieltag | 13.02.2017 | AEP Iraklis FC | - | AEK Athen | 2:2 | ||||
| 21. Spieltag | 19.02.2017 | Panionios GSS | - | AEP Iraklis FC | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 26.02.2017 | AEP Iraklis FC | - | PAOK Saloniki | 1:1 | |
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| 23. Spieltag | 05.03.2017 | Atromitos | - | AEP Iraklis FC | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 11.03.2017 | AEP Iraklis FC | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 20.03.2017 | Platanias Chanion | - | AEP Iraklis FC | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 02.04.2017 | AO Kerkyra | - | AEP Iraklis FC | 0:3 |  |
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| 27. Spieltag | 05.04.2017 | AEP Iraklis FC | - | Levadiakos | 1:0 | |
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| 28. Spieltag | 09.04.2017 | PAS Giannina | - | AEP Iraklis FC | 1:2 | |
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| 30. Spieltag | 30.04.2017 | Asteras Tripolis | - | AEP Iraklis FC | 2:2 | |
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