| 30. Spieltag | 01.04.2006 | 1. FC Köln II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 |  |
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| 31. Spieltag | 08.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 27. Spieltag | 19.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfL Osnabrück | 1:0 | |
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| 33. Spieltag | 23.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 34. Spieltag | 29.04.2006 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 35. Spieltag | 06.05.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Emden | 2:0 | |
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| 36. Spieltag | 13.05.2006 | VfB Lübeck | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 37. Spieltag | 20.05.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Fortuna Düsseldorf | 2:3 |  |
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| 38. Spieltag | 27.05.2006 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 |
Argentinien
Italien