| 3. Spieltag | 10.09.2016 | Panionios GSS | - | Asteras Tripolis | 3:0 | ||||
| 4. Spieltag | 17.09.2016 | Xanthi FC | - | Panionios GSS | 0:2 | ||||
| 5. Spieltag | 24.09.2016 | Panionios GSS | - | Veria FC | 1:2 |  |
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| 6. Spieltag | 01.10.2016 | AEP Iraklis FC | - | Panionios GSS | 1:2 | ||||
| 7. Spieltag | 15.10.2016 | Panionios GSS | - | Olympiakos Piraeus | 0:2 | ||||
| 8. Spieltag | 22.10.2016 | AEK Athen | - | Panionios GSS | 0:0 | |
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| 9. Spieltag | 29.10.2016 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 10. Spieltag | 06.11.2016 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 27.11.2016 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 03.12.2016 | Platanias Chanion | - | Panionios GSS | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 11.12.2016 | Panionios GSS | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 15.01.2017 | Atromitos | - | Panionios GSS | 1:2 | ||||
| 28. Spieltag | 09.04.2017 | Panionios GSS | - | Platanias Chanion | 1:1 |
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