| 8. Spieltag | 27.10.2012 | Panthrakikos | - | Panionios GSS | 1:2 | ||||
| 9. Spieltag | 04.11.2012 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 1:2 |  |
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| 10. Spieltag | 11.11.2012 | Atromitos | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 17.11.2012 | Panionios GSS | - | Platanias Chanion | 4:0 |  |
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| 12. Spieltag | 25.11.2012 | Asteras Tripolis | - | Panionios GSS | 2:1 | |
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| 13. Spieltag | 02.12.2012 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:2 | ||||
| 14. Spieltag | 09.12.2012 | Skoda Xanthi | - | Panionios GSS | 4:0 | ||||
| 15. Spieltag | 15.12.2012 | Panionios GSS | - | Olympiakos Piraeus | 1:2 | ||||
| 16. Spieltag | 06.01.2013 | Aris Saloniki | - | Panionios GSS | 2:1 | |
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| 17. Spieltag | 13.01.2013 | Panionios GSS | - | Veria FC | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 19.01.2013 | OFI Heraklion | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 22. Spieltag | 16.02.2013 | AO Kerkyra | - | Panionios GSS | 2:1 | |
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| 23. Spieltag | 24.02.2013 | Panionios GSS | - | Panthrakikos | 2:0 |  |
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| 26. Spieltag | 17.03.2013 | Platanias Chanion | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 01.04.2013 | Panionios GSS | - | Asteras Tripolis | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 07.04.2013 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 14.04.2013 | Panionios GSS | - | Skoda Xanthi | 3:3 |
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