| 13. Spieltag | 13.07.2008 | FK Khimki | - | Zenit St. Petersburg | 1:4 |  |
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| 14. Spieltag | 19.07.2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 | ||||
| 15. Spieltag | 25.07.2008 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 2:0 |  |
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| 16. Spieltag | 02.08.2008 | FK Khimki | - | Dinamo Moskva | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 09.08.2008 | Spartak Moskva | - | FK Khimki | 1:1 | |
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| 18. Spieltag | 17.08.2008 | FK Khimki | - | FK Moskva | 0:2 | ||||
| 19. Spieltag | 23.08.2008 | Rubin Kazan | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 20. Spieltag | 29.08.2008 | FK Khimki | - | Shinnik Yaroslavl | 0:0 | |
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| 22. Spieltag | 20.09.2008 | FK Khimki | - | FK Saturn | 2:1 | ||||
| 23. Spieltag | 28.09.2008 | Terek Grozny | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 05.10.2008 | FK Khimki | - | CSKA Moskva | 1:2 | ||||
| 25. Spieltag | 19.10.2008 | Lokomotiv Moskva | - | FK Khimki | 0:2 | ||||
| 26. Spieltag | 25.10.2008 | FK Khimki | - | Luch-Energiya Vladivostok | 3:1 | ||||
| 27. Spieltag | 01.11.2008 | Zenit St. Petersburg | - | FK Khimki | 1:0 |
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