| 3. Spieltag | 26.09.2020 | Austria Lustenau | - | FC Juniors OÖ | 0:1 | ||||
| 4. Spieltag | 29.09.2020 | FC Juniors OÖ | - | FC Liefering | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 02.10.2020 | SV Horn | - | FC Juniors OÖ | 1:1 |  |
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| 6. Spieltag | 23.10.2020 | FC Juniors OÖ | - | Kapfenberger SV 1919 | 0:5 | ||||
| 8. Spieltag | 30.10.2020 | FC Juniors OÖ | - | Grazer AK | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 06.11.2020 | Floridsdorfer AC | - | FC Juniors OÖ | 2:1 | ||||
| 10. Spieltag | 21.11.2020 | FC Juniors OÖ | - | FC Dornbirn | 0:3 | ||||
| 11. Spieltag | 28.11.2020 | Vorwärts Steyr | - | FC Juniors OÖ | 3:1 | ||||
| 12. Spieltag | 04.12.2020 | FC Juniors OÖ | - | SK Austria Klagenfurt | 2:1 | ||||
| 13. Spieltag | 11.12.2020 | FC Blau Weiß Linz | - | FC Juniors OÖ | 2:0 |  |
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| 17. Spieltag | 05.03.2021 | FC Juniors OÖ | - | Rapid Wien (A) | 2:1 | ||||
| 20. Spieltag | 02.04.2021 | FC Juniors OÖ | - | SV Horn | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 17.04.2021 | FC Juniors OÖ | - | Floridsdorfer AC | 2:3 | |
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| 19. Spieltag | 20.04.2021 | FC Liefering | - | FC Juniors OÖ | 1:1 |
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