| 2. Spieltag | 29.01.2006 | Cruz Azul | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 02.02.2006 | Atlas Guadalajara | - | CF Monterrey | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 05.02.2006 | CF Pachuca | - | Atlas Guadalajara | 3:0 | ||||
| 5. Spieltag | 12.02.2006 | Atlas Guadalajara | - | Monarcas Morelia | 1:1 | ||||
| 6. Spieltag | 19.02.2006 | CF América | - | Atlas Guadalajara | 2:1 | ||||
| 7. Spieltag | 26.02.2006 | UAG Tecos | - | Atlas Guadalajara | 0:4 | ||||
| 8. Spieltag | 05.03.2006 | Atlas Guadalajara | - | Deportivo Toluca | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 11.03.2006 | Jaguares Chiapas | - | Atlas Guadalajara | 2:2 | ||||
| 10. Spieltag | 16.03.2006 | Atlas Guadalajara | - | Pumas UNAM | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 19.03.2006 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:1 | ||||
| 12. Spieltag | 26.03.2006 | Atlas Guadalajara | - | UANL Tigres | 0:2 | ||||
| 13. Spieltag | 02.04.2006 | Dorados de Sinaloa | - | Atlas Guadalajara | 3:1 |  |
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| 14. Spieltag | 09.04.2006 | Atlas Guadalajara | - | Santos Laguna | 3:3 | |
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| 15. Spieltag | 17.04.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 0:3 | ||||
| 16. Spieltag | 23.04.2006 | Atlas Guadalajara | - | Club Necaxa | 2:3 | |
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| 17. Spieltag | 30.04.2006 | Club San Luis | - | Atlas Guadalajara | 2:1 |
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