| 1. Spieltag | 01.08.2016 | FK Krasnodar | - | FK Tom Tomsk | 3:0 |  |
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| 5. Spieltag | 27.08.2016 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moskva | 0:1 | ||||
| 6. Spieltag | 10.09.2016 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 7. Spieltag | 17.09.2016 | FK Tom Tomsk | - | Arsenal Tula | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 26.09.2016 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 01.10.2016 | FK Tom Tomsk | - | FK Ural | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 16.10.2016 | FK Orenburg | - | FK Tom Tomsk | 3:1 | ||||
| 11. Spieltag | 22.10.2016 | FK Tom Tomsk | - | Anzhi Makhachkala | 0:3 | ||||
| 12. Spieltag | 30.10.2016 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 05.11.2016 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 0:1 | ||||
| 14. Spieltag | 21.11.2016 | Terek Grozny | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 15. Spieltag | 27.11.2016 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 16. Spieltag | 01.12.2016 | FK Tom Tomsk | - | Lokomotiv Moskva | 1:6 | ||||
| 17. Spieltag | 05.12.2016 | FK Ufa | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | |
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