| 5. Spieltag | 08.03.2025 | Yokohama FC | - | FC Machida Zelvia | 0:2 | ||||
| 6. Spieltag | 15.03.2025 | Yokohama FC | - | Cerezo Osaka | 2:0 |  |
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| 7. Spieltag | 29.03.2025 | Nagoya Grampus | - | Yokohama FC | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 02.04.2025 | Yokohama FC | - | Vissel Kobe | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 06.04.2025 | Yokohama FC | - | Shimizu S-Pulse | 2:0 | |
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| 10. Spieltag | 13.04.2025 | Albirex Niigata | - | Yokohama FC | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 20.04.2025 | Yokohama FC | - | Gamba Osaka | 1:1 | ||||
| 12. Spieltag | 25.04.2025 | Kyoto Sanga FC | - | Yokohama FC | 2:1 | ||||
| 13. Spieltag | 29.04.2025 | Yokohama FC | - | Kashima Antlers | 0:3 | ||||
| 15. Spieltag | 06.05.2025 | Tokyo Verdy | - | Yokohama FC | 2:0 |  |
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| 16. Spieltag | 10.05.2025 | Yokohama FC | - | Avispa Fukuoka | 1:0 | |
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| 14. Spieltag | 14.05.2025 | Kawasaki Frontale | - | Yokohama FC | 2:1 | |
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