| 5. Spieltag | 08.09.2012 | Northampton Town | - | AFC Wimbledon | 2:0 | ||||
| 6. Spieltag | 15.09.2012 | Fleetwood Town | - | Northampton Town | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 22.09.2012 | Northampton Town | - | Chesterfield FC | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 29.09.2012 | Burton Albion | - | Northampton Town | 3:3 | ||||
| 10. Spieltag | 02.10.2012 | Northampton Town | - | Gillingham FC | 1:2 | ||||
| 11. Spieltag | 06.10.2012 | Bristol Rovers | - | Northampton Town | 3:1 | ||||
| 12. Spieltag | 13.10.2012 | Northampton Town | - | Exeter City | 3:0 | ||||
| 14. Spieltag | 23.10.2012 | Northampton Town | - | Bradford City | 0:1 | ||||
| 15. Spieltag | 27.10.2012 | Northampton Town | - | Port Vale FC | 2:0 |  |
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| 16. Spieltag | 06.11.2012 | York City | - | Northampton Town | 1:1 |  |
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| 19. Spieltag | 20.11.2012 | Northampton Town | - | Morecambe FC | 3:0 | ||||
| 26. Spieltag | 01.01.2013 | Northampton Town | - | Dagenham & Redbridge | 3:1 | ||||
| 27. Spieltag | 05.01.2013 | Northampton Town | - | Fleetwood Town | 3:1 |
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