| 4. Spieltag | 18.09.2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 0:2 |  |
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| 5. Spieltag | 24.09.2016 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 6. Spieltag | 02.10.2016 | Platanias Chanion | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 15.10.2016 | Panetolikos | - | AO Kerkyra | 4:0 |  |
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| 8. Spieltag | 23.10.2016 | Levadiakos | - | Panetolikos | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 31.10.2016 | Panetolikos | - | PAS Giannina | 1:2 | |
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| 10. Spieltag | 06.11.2016 | Panetolikos | - | AE Lárissa | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 29.01.2017 | Panetolikos | - | PAOK Saloniki | 0:1 | ||||
| 22. Spieltag | 25.02.2017 | AO Kerkyra | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 04.03.2017 | Panetolikos | - | Levadiakos | 2:0 | |
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| 24. Spieltag | 11.03.2017 | PAS Giannina | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 18.03.2017 | AE Lárissa | - | Panetolikos | 1:0 | |
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| 26. Spieltag | 02.04.2017 | Panetolikos | - | Asteras Tripolis | 1:1 | |
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| 27. Spieltag | 05.04.2017 | Xanthi FC | - | Panetolikos | 3:0 | |
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| 30. Spieltag | 30.04.2017 | Panetolikos | - | Olympiakos Piraeus | 0:2 | |
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