| 1. Spieltag | 30.07.2016 | 1. FC Köln II | - | Borussia Dortmund II | 1:4 | ||||
| 2. Spieltag | 05.08.2016 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 0:1 | ||||
| 6. Spieltag | 26.08.2016 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiß Oberhausen | 1:2 | ||||
| 8. Spieltag | 10.09.2016 | 1. FC Köln II | - | SC Wiedenbrück | 1:3 | ||||
| 13. Spieltag | 15.10.2016 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln II | 5:2 | ||||
| 14. Spieltag | 22.10.2016 | 1. FC Köln II | - | SV Rödinghausen | 0:3 | ||||
| 7. Spieltag | 26.10.2016 | TSG Sprockhövel | - | 1. FC Köln II | 0:5 | ||||
| 15. Spieltag | 30.10.2016 | Rot Weiss Ahlen | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 05.11.2016 | 1. FC Köln II | - | SC Verl | 2:0 | ||||
| 17. Spieltag | 12.11.2016 | Alemannia Aachen | - | 1. FC Köln II | 3:2 | ||||
| 3. Spieltag | 19.11.2016 | 1. FC Köln II | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 26.11.2016 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Köln II | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 29.04.2017 | SV Rödinghausen | - | 1. FC Köln II | 2:2 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2017 | SC Verl | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2017 | 1. FC Köln II | - | Alemannia Aachen | 1:2 |
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