| 8. Spieltag | 15.05.2005 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 21.05.2005 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 4:1 |  |
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| 10. Spieltag | 28.05.2005 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 1:2 |  |
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| 11. Spieltag | 12.06.2005 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 12. Spieltag | 18.06.2005 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 1:2 | |
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| 13. Spieltag | 26.06.2005 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 14. Spieltag | 02.07.2005 | FK Tom Tomsk | - | Alania Vladikavkaz | 0:0 | |
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| 15. Spieltag | 09.07.2005 | Terek Grozny | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 16. Spieltag | 17.07.2005 | FK Tom Tomsk | - | Lokomotiv Moskva | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 24.07.2005 | CSKA Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | |
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| 20. Spieltag | 21.08.2005 | FK Tom Tomsk | - | Torpedo Moskva | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 17.09.2005 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 24. Spieltag | 24.09.2005 | FK Tom Tomsk | - | FK Moskva | 3:2 | |
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| 25. Spieltag | 02.10.2005 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 26. Spieltag | 15.10.2005 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 3:0 | ||||
| 27. Spieltag | 23.10.2005 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 30. Spieltag | 19.11.2005 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 2:0 | |
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