| 1. Spieltag | 02.08.1998 | SpVgg Erkenschwick | - | Bayer Leverkusen II | 2:4 | ||||
| 2. Spieltag | 11.08.1998 | Bayer Leverkusen II | - | Wuppertaler SV | 3:3 |  |
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| 3. Spieltag | 16.08.1998 | LR Ahlen | - | Bayer Leverkusen II | 1:3 | ||||
| 4. Spieltag | 23.08.1998 | Bayer Leverkusen II | - | Eintracht Trier | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 12.12.1998 | Wuppertaler SV | - | Bayer Leverkusen II | 4:0 | ||||
| 23. Spieltag | 07.03.1999 | 1. FC Saarbrücken | - | Bayer Leverkusen II | 2:2 | ||||
| 24. Spieltag | 14.03.1999 | Bayer Leverkusen II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 2:1 |  |
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| 25. Spieltag | 21.03.1999 | SC Paderborn 07 | - | Bayer Leverkusen II | 3:0 | ||||
| 27. Spieltag | 11.04.1999 | FC Remscheid | - | Bayer Leverkusen II | 0:3 |  |
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| 20. Spieltag | 14.04.1999 | Bayer Leverkusen II | - | LR Ahlen | 0:0 | ||||
| 28. Spieltag | 18.04.1999 | Bayer Leverkusen II | - | Alemannia Aachen | 1:3 | |
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| 30. Spieltag | 02.05.1999 | Bayer Leverkusen II | - | FC 08 Homburg | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 16.05.1999 | SC Verl | - | Bayer Leverkusen II | 1:2 | ||||
| 33. Spieltag | 24.05.1999 | Bayer Leverkusen II | - | SV 07 Elversberg | 3:0 | ||||
| 34. Spieltag | 30.05.1999 | Preußen Münster | - | Bayer Leverkusen II | 2:2 | |
Slowakei