| Gruppe G | 04.10.2012 | FC Basel 1893 | - | KRC Genk | 2:2 |  |
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| Gruppe G | 08.11.2012 | FC Basel 1893 | - | Videoton FC | 1:0 | ||||
| Gruppe G | 22.11.2012 | FC Basel 1893 | - | Sporting CP | 3:0 | ||||
| Gruppe G | 06.12.2012 | KRC Genk | - | FC Basel 1893 | 0:0 | |
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| 2. Runde | 14.02.2013 | FC Basel 1893 | - | Dnipro Dnipropetrovsk | 2:0 | |
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| Achtelfinale | 07.03.2013 | FC Basel 1893 | - | Zenit St. Petersburg | 2:0 | |
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| Achtelfinale | 14.03.2013 | Zenit St. Petersburg | - | FC Basel 1893 | 1:0 | |
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| Viertelfinale | 11.04.2013 | FC Basel 1893 | - | Tottenham Hotspur | 4:1 i.E. | ||||
| Halbfinale | 25.04.2013 | FC Basel 1893 | - | Chelsea FC | 1:2 |
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