| 1. Runde | 18.09.2008 | NEC Nijmegen | - | Dinamo Bucureşti | 1:0 |  |
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| 1. Runde | 02.10.2008 | Dinamo Bucureşti | - | NEC Nijmegen | 0:0 | ||||
| Gruppe D | 23.10.2008 | Dinamo Zagreb | - | NEC Nijmegen | 3:2 | ||||
| Gruppe D | 18.12.2008 | NEC Nijmegen | - | Udinese Calcio | 2:0 | ||||
| 3. Runde | 18.02.2009 | NEC Nijmegen | - | Hamburger SV | 0:3 | ||||
| 3. Runde | 26.02.2009 | Hamburger SV | - | NEC Nijmegen | 1:0 |
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