| 1. Spieltag | 10.03.2007 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Nalchik | 2:0 | ||||
| 2. Spieltag | 17.03.2007 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 3. Spieltag | 31.03.2007 | FK Tom Tomsk | - | FK Saturn | 1:1 | ||||
| 4. Spieltag | 08.04.2007 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 2:2 | ||||
| 12. Spieltag | 09.06.2007 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 2:0 | ||||
| 15. Spieltag | 01.07.2007 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 |  |
|||
| 16. Spieltag | 15.07.2007 | FK Tom Tomsk | - | FK Moskva | 1:2 | ||||
| 17. Spieltag | 21.07.2007 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 18. Spieltag | 29.07.2007 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 1:1 | ||||
| 22. Spieltag | 25.08.2007 | FK Tom Tomsk | - | Luch-Energiya Vladivostok | 3:1 | ||||
| 23. Spieltag | 31.08.2007 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 3:1 | ||||
| 28. Spieltag | 28.10.2007 | Lokomotiv Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | |
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| 29. Spieltag | 03.11.2007 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 11.11.2007 | Spartak Nalchik | - | FK Tom Tomsk | 1:0 |
Estland