| 16. Spieltag | 23.01.1999 | Ethnikos Asteras | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 30.01.1999 | Panionios GSS | - | PAOK Saloniki | 0:1 |  |
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| 18. Spieltag | 07.02.1999 | PAOK Saloniki | - | Ionikos Nikea | 0:0 | ||||
| 19. Spieltag | 15.02.1999 | Aris Saloniki | - | PAOK Saloniki | 2:0 | |
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| 20. Spieltag | 21.02.1999 | PAOK Saloniki | - | AO Kavala | 1:0 | ||||
| 21. Spieltag | 28.02.1999 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 0:1 | |
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| 23. Spieltag | 14.03.1999 | Iraklis Saloniki | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 25. Spieltag | 04.04.1999 | Olympiakos Piraeus | - | PAOK Saloniki | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 25.04.1999 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | |
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| 28. Spieltag | 01.05.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | PAOK Saloniki | 0:4 | |
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| 29. Spieltag | 09.05.1999 | PAOK Saloniki | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 30. Spieltag | 12.05.1999 | OFI Heraklion | - | PAOK Saloniki | 3:2 | |
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| 31. Spieltag | 16.05.1999 | PAOK Saloniki | - | Paniliakos Pyrgos | 2:0 | ||||
| 32. Spieltag | 19.05.1999 | AO Proodeftiki | - | PAOK Saloniki | 2:1 | ||||
| 33. Spieltag | 23.05.1999 | PAOK Saloniki | - | Ethnikos Asteras | 5:1 |  |
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