| 1. Spieltag | 30.08.2008 | Panthrakikos | - | Ergotelis | 1:2 | ||||
| 2. Spieltag | 13.09.2008 | Panathinaikos | - | Panthrakikos | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 19.10.2008 | Olympiakos Piraeus | - | Panthrakikos | 2:0 | ||||
| 7. Spieltag | 25.10.2008 | AE Lárissa | - | Panthrakikos | 1:2 | ||||
| 8. Spieltag | 02.11.2008 | Panthrakikos | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 |  |
|||
| 9. Spieltag | 09.11.2008 | Asteras Tripolis | - | Panthrakikos | 0:0 | |
|||
| 10. Spieltag | 16.11.2008 | Panthrakikos | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 22.11.2008 | Panserraikos | - | Panthrakikos | 1:2 | ||||
| 12. Spieltag | 30.11.2008 | Panthrakikos | - | OFI Heraklion | 2:0 | ||||
| 13. Spieltag | 07.12.2008 | AEK Athen | - | Panthrakikos | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 14.12.2008 | Levadiakos | - | Panthrakikos | 2:0 | ||||
| 23. Spieltag | 22.02.2009 | Thrasyvoulos Fylis | - | Panthrakikos | 0:2 | ||||
| 24. Spieltag | 01.03.2009 | Panthrakikos | - | Asteras Tripolis | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 08.03.2009 | Skoda Xanthi | - | Panthrakikos | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 15.03.2009 | Panthrakikos | - | Panserraikos | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 22.03.2009 | OFI Heraklion | - | Panthrakikos | 4:3 | ||||
| 28. Spieltag | 05.04.2009 | Panthrakikos | - | AEK Athen | 1:1 |
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