| 1. Spieltag | 21.08.2016 | CD Mensajero | - | Real Unión | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 27.08.2016 | Real Unión | - | Real Madrid Castilla | 1:0 | ||||
| 3. Spieltag | 04.09.2016 | Real Sociedad B | - | Real Unión | 1:1 | ||||
| 4. Spieltag | 11.09.2016 | Real Unión | - | Albacete | 0:0 | ||||
| 5. Spieltag | 17.09.2016 | Real Unión | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 25.09.2016 | SD Gernika | - | Real Unión | 2:2 | ||||
| 7. Spieltag | 02.10.2016 | Real Unión | - | SD Leioa | 2:1 | ||||
| 20. Spieltag | 08.01.2017 | Real Unión | - | CD Mensajero | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 14.01.2017 | Real Madrid Castilla | - | Real Unión | 1:2 | ||||
| 22. Spieltag | 21.01.2017 | Real Unión | - | Real Sociedad B | 2:2 | ||||
| 23. Spieltag | 29.01.2017 | Albacete | - | Real Unión | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 04.02.2017 | SD Amorebieta | - | Real Unión | 3:1 |  |
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