| 9. Spieltag | 25.09.2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | U.S.I. Lupo-Martini | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 01.10.2016 | Eintracht Braunschweig II | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:3 | ||||
| 11. Spieltag | 09.10.2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | TSV Havelse | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 30.10.2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | Germania Egestorf/Langreder | 2:1 |  |
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| 16. Spieltag | 13.11.2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | VfB Lübeck | 0:2 | ||||
| 17. Spieltag | 20.11.2016 | SV Drochtersen/Assel | - | ETSV Weiche Flensburg | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 27.11.2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | VfL Wolfsburg II | 0:0 |  |
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| 23. Spieltag | 26.02.2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | Hamburger SV II | 5:3 | ||||
| 24. Spieltag | 05.03.2017 | SV Eichede | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 29.03.2017 | Lüneburger SK Hansa | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:1 | ||||
| 29. Spieltag | 08.04.2017 | Schwarz-Weiß Rehden | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:2 | ||||
| 32. Spieltag | 05.05.2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2017 | VfB Lübeck | - | ETSV Weiche Flensburg | 2:0 |
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