| 1. Spieltag | 01.08.2016 | FK Krasnodar | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 4. Spieltag | 21.08.2016 | Spartak Moskva | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| 5. Spieltag | 28.08.2016 | FK Krasnodar | - | Lokomotiv Moskva | 1:2 | ||||
| 6. Spieltag | 11.09.2016 | FK Ufa | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 18.09.2016 | FK Krasnodar | - | FK Rostov | 2:1 | ||||
| 8. Spieltag | 24.09.2016 | CSKA Moskva | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 02.10.2016 | FK Krasnodar | - | Rubin Kazan | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 23.10.2016 | FK Krasnodar | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 06.11.2016 | FK Krasnodar | - | FK Orenburg | 3:3 |  |
|||
| 14. Spieltag | 20.11.2016 | FK Krasnodar | - | FK Ural | 3:0 | ||||
| 16. Spieltag | 01.12.2016 | Terek Grozny | - | FK Krasnodar | 2:1 | ||||
| 17. Spieltag | 05.12.2016 | FK Krasnodar | - | Krylia Sovetov | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 13.03.2017 | Lokomotiv Moskva | - | FK Krasnodar | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 19.03.2017 | FK Krasnodar | - | FK Ufa | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 03.04.2017 | FK Rostov | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 28. Spieltag | 13.05.2017 | FK Ural | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 21.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Krasnodar | 1:5 |
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