| 15. Spieltag | 22.10.2016 | Peterborough United | - | AFC Wimbledon | 0:1 | ||||
| 16. Spieltag | 29.10.2016 | AFC Wimbledon | - | Bradford City | 2:3 | ||||
| 18. Spieltag | 19.11.2016 | AFC Wimbledon | - | Bury FC | 5:1 | ||||
| 26. Spieltag | 21.02.2017 | Gillingham FC | - | AFC Wimbledon | 2:2 | ||||
| 35. Spieltag | 28.02.2017 | Scunthorpe United | - | AFC Wimbledon | 1:2 | ||||
| 36. Spieltag | 04.03.2017 | Bolton Wanderers | - | AFC Wimbledon | 1:1 | ||||
| 37. Spieltag | 11.03.2017 | AFC Wimbledon | - | Northampton Town | 0:1 | ||||
| 39. Spieltag | 18.03.2017 | Fleetwood Town | - | AFC Wimbledon | 0:0 |  |
|||
| 40. Spieltag | 25.03.2017 | AFC Wimbledon | - | Southend United | 0:2 | ||||
| 42. Spieltag | 08.04.2017 | AFC Wimbledon | - | Bristol Rovers | 0:1 | ||||
| 45. Spieltag | 22.04.2017 | Bradford City | - | AFC Wimbledon | 3:0 | ||||
| 46. Spieltag | 30.04.2017 | AFC Wimbledon | - | Oldham Athletic | 0:0 |
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