# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 17 11 2 4 27:16 11 35
2 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 17 9 4 4 31:22 9 31
3 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 17 8 6 3 25:18 7 30
4 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 17 8 5 4 25:16 9 29
5 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 17 8 4 5 33:19 14 28
6 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 17 7 7 3 24:20 4 28
7 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 17 7 4 6 22:22 0 25
8 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 17 6 6 5 29:21 8 24
9 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 17 7 3 7 26:31 -5 24
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 17 7 2 8 26:31 -5 23
11 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 17 5 5 7 22:27 -5 20
12 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 16 4 6 6 22:28 -6 18
13 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 17 4 4 9 22:32 -10 16
14 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 17 4 3 10 20:25 -5 15
15 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 16 4 2 10 13:22 -9 14
16 FC Baden, Schweiz FC Baden 16 3 1 12 18:36 -18 10
17 FC Sion, Schweiz FC Sion 1 1 0 0 1:0 1 3
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.