# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Sion, Schweiz FC Sion 31 12 11 8 46:33 13 47
2 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 15 9 3 3 27:21 6 30
3 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 15 8 5 2 23:15 8 29
4 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 15 8 3 4 28:17 11 27
5 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 15 7 3 5 22:18 4 24
6 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 15 7 3 5 17:16 1 24
7 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 15 6 4 5 21:16 5 22
8 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 15 5 7 3 22:19 3 22
9 FC Baden, Schweiz FC Baden 16 6 3 7 20:21 -1 21
10 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 15 5 4 6 22:15 7 19
11 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 16 5 4 7 21:25 -4 19
12 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 15 6 1 8 21:27 -6 19
13 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 15 4 5 6 21:27 -6 17
14 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 15 4 5 6 20:27 -7 17
15 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 15 4 3 8 18:22 -4 15
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 16 3 5 8 12:25 -13 14
17 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 15 2 3 10 15:32 -17 9
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.