| 22. Spieltag | 16.01.2000 | Levante UD | - | CD Logroñés | 1:0 | ||||
| 23. Spieltag | 23.01.2000 | CD Logroñés | - | CD Tenerife | 0:0 |  |
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| 24. Spieltag | 30.01.2000 | Sporting Gijón | - | CD Logroñés | 1:4 |  |
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| 25. Spieltag | 06.02.2000 | CD Logroñés | - | Recreativo Huelva | 0:3 | ||||
| 26. Spieltag | 13.02.2000 | CD Toledo | - | CD Logroñés | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 20.02.2000 | CD Logroñés | - | CP Mérida | 1:2 | ||||
| 28. Spieltag | 27.02.2000 | Atlético Madrid B | - | CD Logroñés | 0:1 | |
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| 29. Spieltag | 05.03.2000 | CD Logroñés | - | CD Leganés | 0:1 | ||||
| 30. Spieltag | 11.03.2000 | CA Osasuna | - | CD Logroñés | 2:0 | ||||
| 31. Spieltag | 19.03.2000 | CD Logroñés | - | SD Compostela | 3:1 | |
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| 32. Spieltag | 25.03.2000 | Córdoba CF | - | CD Logroñés | 1:0 | |
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| 33. Spieltag | 01.04.2000 | CD Logroñés | - | UD Las Palmas | 1:1 | ||||
| 34. Spieltag | 08.04.2000 | CD Logroñés | - | CF Extremadura | 1:1 | ||||
| 35. Spieltag | 15.04.2000 | UE Lleida | - | CD Logroñés | 1:0 | ||||
| 40. Spieltag | 21.05.2000 | CD Logroñés | - | SD Eibar | 0:1 | ||||
| 41. Spieltag | 28.05.2000 | Elche CF | - | CD Logroñés | 2:1 |
Spanien