1. Spieltag 31.07.2016 FC St. Pauli II - Germania Egestorf/Langreder 3:1
4. Spieltag 10.08.2016 SV Drochtersen/Assel - FC St. Pauli II 0:1
3. Spieltag 14.08.2016 FC St. Pauli II - VfB Lübeck 0:1
2. Spieltag 21.08.2016 TSV Havelse - FC St. Pauli II 2:1
5. Spieltag 27.08.2016 FC St. Pauli II - VfL Wolfsburg II 2:2
6. Spieltag 04.09.2016 SV Meppen - FC St. Pauli II 3:1 gelbe Karte
7. Spieltag 11.09.2016 FC St. Pauli II - Lüneburger SK Hansa 0:3
8. Spieltag 18.09.2016 Eintracht Norderstedt - FC St. Pauli II 1:1 Tor rote Karte
11. Spieltag 08.10.2016 FC St. Pauli II - SV Eichede 1:0
12. Spieltag 14.10.2016 Hannover 96 II - FC St. Pauli II 1:2
16. Spieltag 12.11.2016 Schwarz-Weiß Rehden - FC St. Pauli II 1:3
19. Spieltag 03.12.2016 FC St. Pauli II - TSV Havelse 0:2
22. Spieltag 18.02.2017 VfL Wolfsburg II - FC St. Pauli II 2:0
17. Spieltag 01.03.2017 FC St. Pauli II - VfV Hildesheim 1:1
24. Spieltag 05.03.2017 Lüneburger SK Hansa - FC St. Pauli II 1:1
25. Spieltag 11.03.2017 FC St. Pauli II - Eintracht Norderstedt 1:3 gelbe Karte
23. Spieltag 15.03.2017 FC St. Pauli II - SV Meppen 4:0
28. Spieltag 01.04.2017 SV Eichede - FC St. Pauli II 3:0
27. Spieltag 04.04.2017 FC St. Pauli II - Hamburger SV II 1:3
29. Spieltag 07.04.2017 FC St. Pauli II - Hannover 96 II 0:0
21. Spieltag 13.04.2017 FC St. Pauli II - SV Drochtersen/Assel 1:0
26. Spieltag 16.04.2017 VfB Oldenburg - FC St. Pauli II 2:0
30. Spieltag 22.04.2017 U.S.I. Lupo-Martini - FC St. Pauli II 1:2
31. Spieltag 30.04.2017 FC St. Pauli II - Eintracht Braunschweig II 1:2
32. Spieltag 05.05.2017 ETSV Weiche Flensburg - FC St. Pauli II 1:0
33. Spieltag 13.05.2017 FC St. Pauli II - Schwarz-Weiß Rehden 2:2
34. Spieltag 20.05.2017 VfV Hildesheim - FC St. Pauli II 1:1