| 1. Spieltag | 30.08.2008 | Panthrakikos | - | Ergotelis | 1:2 |  |
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| 2. Spieltag | 13.09.2008 | Panathinaikos | - | Panthrakikos | 3:0 | ||||
| 3. Spieltag | 20.09.2008 | Panthrakikos | - | PAOK Saloniki | 0:1 | ||||
| 6. Spieltag | 19.10.2008 | Olympiakos Piraeus | - | Panthrakikos | 2:0 | ||||
| 7. Spieltag | 25.10.2008 | AE Lárissa | - | Panthrakikos | 1:2 |  |
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| 8. Spieltag | 02.11.2008 | Panthrakikos | - | Thrasyvoulos Fylis | 1:0 |  |
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| 10. Spieltag | 16.11.2008 | Panthrakikos | - | Skoda Xanthi | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 22.11.2008 | Panserraikos | - | Panthrakikos | 1:2 | ||||
| 12. Spieltag | 30.11.2008 | Panthrakikos | - | OFI Heraklion | 2:0 | |
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| 13. Spieltag | 07.12.2008 | AEK Athen | - | Panthrakikos | 1:0 | |
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| 14. Spieltag | 14.12.2008 | Levadiakos | - | Panthrakikos | 2:0 | ||||
| 15. Spieltag | 21.12.2008 | Panthrakikos | - | Aris Saloniki | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 10.01.2009 | Panthrakikos | - | Panathinaikos | 1:3 |
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