| 2. Spieltag | 25.07.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 Rosenheim | 0:1 | ||||
| 4. Spieltag | 04.08.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV Buchbach | 4:2 |  |
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| 6. Spieltag | 11.08.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | Eintracht Bamberg | 4:1 |  |
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| 7. Spieltag | 15.08.2012 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 | ||||
| 18. Spieltag | 20.10.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | SC Eltersdorf | 3:0 | |
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| 19. Spieltag | 26.10.2012 | FC Memmingen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:4 | ||||
| 20. Spieltag | 03.11.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | FV Illertissen | 1:3 | ||||
| 22. Spieltag | 16.11.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:2 |
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