| 18. Spieltag | 22.01.2006 | Kickers Offenbach | - | Hansa Rostock | 1:3 | ||||
| 19. Spieltag | 29.01.2006 | Hansa Rostock | - | TSV 1860 München | 3:1 | ||||
| 22. Spieltag | 19.02.2006 | SC Paderborn 07 | - | Hansa Rostock | 3:0 | ||||
| 17. Spieltag | 22.02.2006 | Dynamo Dresden | - | Hansa Rostock | 1:0 |  |
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| 23. Spieltag | 26.02.2006 | Hansa Rostock | - | Sportfreunde Siegen | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 12.03.2006 | Hansa Rostock | - | Wacker Burghausen | 1:0 |  |
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| 26. Spieltag | 20.03.2006 | Erzgebirge Aue | - | Hansa Rostock | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 26.03.2006 | Hansa Rostock | - | Karlsruher SC | 2:0 | ||||
| 29. Spieltag | 09.04.2006 | Hansa Rostock | - | 1. FC Saarbrücken | 3:0 | ||||
| 31. Spieltag | 23.04.2006 | Hansa Rostock | - | LR Ahlen | 1:2 | ||||
| 33. Spieltag | 07.05.2006 | SpVgg Greuther Fürth | - | Hansa Rostock | 2:0 | |
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| 34. Spieltag | 14.05.2006 | Hansa Rostock | - | Dynamo Dresden | 1:3 |
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